Australianpaimenkoira on melko terve rotu. Tosin kaikki koirilla esiintyvät sairaudet voivat esiintyä myös ausseilla. Rodussa esiintyy mm. lonkka- ja silmäsairauksia, muutoksia kyynärnivelessä tai polvissa, hammaspuutoksia, epilepsiaa sekä allergioita.
Lisää tietoja aussieilla esiintyvistä sairauksista löytyy mm. seuraavista linkeistä: